Für Regeldienste auf den vorgenannten Bahnen importierte 1993/1994 die Lokoop 20 Lokomotiven der Baureihe E 42 von der Deutschen Reichsbahn (DR), von denen zwei umgehend an die Chemin de fer fribourgeois Gruyère - Fribourg - Morat (GFM) weiterverkauft wurden. Da die Maschinen ursprünglich für Einsätze im Flachland gebaut wurden, wurden die verbliebenen 18 Lokomotiven und eine 19. Maschine, die die SOB von der DB für eigene Zwecke erworben hatte, bei Stadler Rail für die Steilrampen der SOB umgerüstet. Die umgebauten Lokomotiven erhielten in der Schweiz die Bezeichnung Ae 477900–917, diejenige der SOB Ae 476012.

Im Jahr 2000 wurden zudem für Lokoop durch die MThB sechs Neubaulokomotiven von Bombardier Transportation beschafft, die der deutschen Baureihe 145 entsprachen und als Re 486651–656 immatrikuliert wurden.

Die Südostbahn stieg 2001 aus dem Unternehmen aus, wodurch die Lokomotiven faktisch nur für Leistungen der Mittelthurgaubahn eingesetzt wurden. Im Oktober 2002 musste die MThB Insolvenz anmelden, womit auch das Ende der Lokoop AG eingeleitet wurde und das Unternehmen 2004 offiziell aufgelöst wurde. Die Auffanggesellschaft Thurbo, eine Tochter der SBB übernahm Teile der Konkursmasse und wickelte die Liquidation des nicht benötigten Anlagevermögens der MThB ab. Die 18 Ae 477 wurden wieder nach Deutschland, an die Westfälische Almetalbahn (WAB) verkauft, die sechs Re 486 blieben in der Schweiz und kamen in den Bestand von SBB Cargo, ehe sie 2005 an Mitsui Rail Capital Europe verkauft wurden.